Hos Bioinformatics bruger vi Debian på alle maskiner, både servere og arbejdsmaskiner. Dette er helt generelt på grund af den høje supportstandard man får fra Debian, og den forenklede administration som Debians pakkehåndtering giver. I mindre grad, men stadig vigtige årsager, er den grundighed og kvalitetssikring som de fleste vedligeholdere lægger i deres arbejde med pakkerne.