Exceto por um herege (que usa Slackware) todos nós usamos Debian sempre, desde que um dito herege o apresentou ao Instituto no meio da década de 90 (ele mudou depois, Deus sabe porque...). Nós temos 5 servidores, 29 estações e 3 notebooks com Debian.
O software é principalmente o relevante científicamente como LaTeX, C++, algumas ferramentas gráficas como xfig, apache e e-mail/internet padrões e coisas para ajudar a escanear e queimar CD's.
Porque nós rodamos Debian: Mecanismo de upgrade muito conveniente, alertas de segurança, raramente precisa de mais recente driver para o hardware bonitinho (então nenhuma desistencia ao usar Debian), instalação via rede (mirror local) muito avançada - bem, e é claro, adicionalmente todas as razões porque Linux e não Windows, mas que não são específicas ao Debian.