GNU/Linux er standard styresystemet på arbejdsmaskiner på Harvard EECS. Debian er et populært valg og vi arbejder pt. på at installere det som vores standarddistribution. Let opsætning, sikkerhedsopdateringer og pakkevedligeholdelse are de primære fordele. Der arbejdes på en automatisk installationsproces; vi har også et lokal filspejl med Debian-pakker.