Debian Med: Medizinische Forschung

Die Liste unten enthält verschiedene Softwareprojekte, die von Interesse für das Projekt sind. Momentan sind nur einige davon als Debian-Paket verfügbar. Es ist allerdings unser Ziel, jede Software in zu integrieren, die sinnvoll zu einer qualitativ hochwertigen Custom Debian Distribution (Angepassten Debian-Distribution) beitragen kann.

Zur besseren Übersicht, welche Projekte als Debian-Paket verfügbar sind, ist jede Kopfzeile mit einem Farbcode nach dem folgenden Schema versehen:

Wenn Sie ein Projekt entdecken, das Ihrer Meinung nach ein guter Kandidat für ist, oder wenn Sie ein inoffizielles Debian-Paket erstellt haben, zögern Sie bitte nicht, eine Beschreibung dieses Projekts an die -Mailingliste zu schicken.

Offizielle Debian-Pakete

python-pyepl
http://pyepl.sourceforge.net/
Lizenz: LGPL
Offizielles Debian-Paket

PyEPL ist eine Werkzeugsammlung, um Stimuli zu liefern und Antworten zu registrieren. Es kann für generierende Psychologie- (sowie Neurowissenschaften, Marketing-Forschung und andere) Experimente verwendet werden.

Es bietet

  • Präsentation: sowohl visuelle als auch auditorische Stimuli
  • Antwort-Registrierung: sowohl manuell (Tastatur/Joystick) als auch Zeitstempel-basiert mittels Klang (Mikrophon)
  • sync-pulsing: Synchronisieren Sie Ihre Verhaltensaufgaben mit externer Aufnahme-Hardware
  • Flexibilität der Kodierung verschiedener Experimente aufgrund des Einsatzes von Python als Beschreibungssprache
  • Schnelle Ausführung von kritischen Punkten aufgrund der Aufrufe in verlinkte, kompilierte Bibliotheken

Dieser Werkzeugkasten ist hier als Alternative zu dem weit-verwandten kommerziellen Produkt (E-Prime).

Inoffizielle Debian-Pakete

phpESP
http://www.butterfat.net/wiki/Projects/phpESP/
Lizenz: BSD
Inoffizielles Debian-Paket
phpESP ist ein Paket für PHP, das eine einfache zu verwendende, web-basierte Schnittstelle zum Erstellen von Umfragen bietet, die Sie auf Ihrem Webauftritt verwenden und damit Daten exportieren können. Es bietet mehrere Benutzer und Benutzergruppen, mit Datenisolation und Sichtschutz zwischen den Gruppen. Es ist für den Einsatz bei einer einzelnen Person, einer Abteilung oder einer gesamten Organisation geeignet. Die von phpESP erstellten Umfragen können leicht in existierende HTML-Vorlagen mit einer oder zwei neuen Zeilen eingefügt werden.

Keine Debian-Pakete verfügbar

Das Virtual Medical School-Projekt am Hammersmith Hospital
http://www.soundray.de/vms/
Lizenz: GPL
Kein Debian-Paket verfügbar
Die digitale Speicherung aller Bildstudien gemeinsam mit den radiologischen Berichten führte zu einer enormen Datenbank von Krankheiten und deren visueller Präsentation neben der normalen Anatomie. Natürlich ist diese Datenbank eine äußerst wertvolle Quelle für die Lehre. Das Virtual Medical School Projekt wurde mit der Absicht ins Leben gerufen, diese Bilddatenbank in eine Wissensbasis zu überführen. Diese Wissensbasis stellt den Grundstein eines digitalen, vernetzten Lehrsystems für die gesamte Medizin auf jeder Stufe dar, der so genannten Virtuellen Medizinischen Schule. Diese basiert stark auf freier Software (Apache-Cocoon).
International Classification for Diseases (ICD-9 und ICD-10)
http://www.cdc.gov/nchs/icd9.htm
Lizenz: Public Domain
Kein Debian-Paket verfügbar
Es gibt zwei verwandte Klassifikationen von Krankheiten mit ähnlichen Titeln. Die International Classification of Diseases (ICD) ist die Klassifikation, die zur Kodierung und Klassifikation von Mortalitätsdaten verwendet wird. Die International Classification of Diseases, Clinical Modification (ICD-CM) wird zur Kodierung und Klassifikation von stationären und ambulanten Patientendaten, Arztpraxen und den meisten NCHS Überwachungen verwendet.
EpiTools
http://meditux.sourceforge.net/
Lizenz: GPL
Kein Debian-Paket verfügbar

Frei verfügbare numerische Werkzeuge und Methoden für die Epidemiologie. Die primäre Zielgruppe sind Epidemiologien des öffentlichen Gesundheitswesens und Datenanalysierer. Durch den Einsatz von R – einer Open Source Programmiersprache und Umgebung für statistische Berechnungen und Graphiken – werden numerische Werkzeuge und Programmierlösungen angeboten, die in real-eingesetzten epidemiologischen Anwendungen verwendet und getestet wurden.

Viele praktische Probleme bei der Analyse von Daten des öffentlichen Gesundheitswesens benötigen Programmierung oder spezielle Software, und Untersuchungen an verschiedenen Standorten können Programmierbemühungen an anderen Orten duplizieren. Oft werden einfache Analysen, wie die Erstellung von Vertrauensintervallen, nicht durchgeführt und verkomplizieren dadurch die angemessene statistische Auswertung für kleine geographische Räume. Es gibt viele Beispiele für einfache und nützliche numerische Werkzeuge, die die Arbeit von Epidemiologen in örtlichen Gesundheitsämtern verbessern würden, aber dennoch nicht einfach für die anstehenden Probleme verfügbar sind (z.B. genaue Vertrauensintervalle für niedrige Neuerkrankungsraten, statistische Sammelmethoden für Meta-Analysen, Lebenszeit-Risikoberechnungen usw.). Die Verfügbarkeit dieser Werkzeuge wird eine breitere Verwendung der angemessenen Methoden ermutigen und nachbweis-basierte Verfahren im öffentlichen Gesundheitswesen fördern.

Surveillance
http://www.statistik.lmu.de/~hoehle/software/surveillance/
Lizenz: GPL
Kein Debian-Paket verfügbar
Das Zweck des R-Pakets surveillance besteht darin, ein Testbett für Überwachungsalgorithmen bereitzustellen. Es erlaubt es den Benutzern, neue Algorithmen zu testen und ihre Ergebnisse mit denen von Standard-Überwachungsmethoden zu vergleichen. Unter anderem enthält das Paket eine Implementation der Prozeduren, die in Stroup et al. (1989), Farrington et al. (1996) und in dem vom Robert Koch Institut (RKI) in Deutschland eingesetzten System verwendet werden. Zu Evaluationszwecken enthält das Paket Beispieldatensätze aus der SurvStat@RKI, die vom RKI in Deutschland betreut wird. Umfangreichere Vergleiche unter Einsatz von Simulationsstudien sind durch Einsatz von Methoden, die point source outbreak data durch Einsatz eines Hidden Markov Modell modellieren, möglich. Um die Algorithmen zu vergleichen, können Kennzahlen wie Empfindlichkeit, Genauigkeit und Erkennungsverzögerung für gesamte Sätze von Überwachungszeitserien berechnet werden.
OHF STEM
http://www.eclipse.org/ohf/components/stem/
Lizenz: Free
Kein Debian-Paket verfügbar
Das Werkzeug Spatiotemporal Epidemiological Modeler (STEM) wurde entwickelt, um Wissenschaftlern und Vertretern des öffentlichen Gesundheitswesens zu helfen, räumliche und zeitliche Modelle von aufkommenden ansteckenden Krankheiten zu erstellen und zu verwenden. Diese Modelle können beim Verständnis und möglicherweise der Vermeidung der Ausbreitung dieser Krankheiten helfen. STEM ist Teil des Open Healthcare Framework.